Содержание проб сфокусировано на известных кодирующих последовательностях геномов (экзонах). Предназначены для проведения исследования транскрипции генов в масштабе целого генома и альтернативного сплайсинга отдельных генов. Доступны чипы на геном человека и порядка 30 различных модельных объектов (мышь, крыса, лосось, дрозофила, арабидопсис, томат, дрожжи, E.coli и т.д.).